Головною метою Миколаївського обласного інституту післядипломної педагогічної освіти є науково-методичний супровід формування професійної компетентності керівних, методичних, педагогічних кадрів дошкільної, загальної середньої, позашкільної освіти, а також розвиток Інституту як реального суб’єкта вітчизняної науки, здатного утримувати гідне місце на ринку освітянських послуг.

Зазначене визначає систему пріоритетів, що реалізуються інститутом:

• трансформація функцій інституту як координаційного, наукового, науково-методичного та інформаційного центру в системі дошкільної, загальної середньої та позашкільної освіти області для забезпечення рівного доступу до якісної освіти;
• забезпечення випереджального характеру підвищення кваліфікації педагогічних кадрів;
• апробація та впровадження нових ефективних вітчизняних, європейських і світових педагогічних технологій та методів навчання дорослих;
• проведення зовнішнього незалежного оцінювання навчальних досягнень у формі тестування випускників навчальних закладів системи загальної середньої освіти;
• здійснення моніторингу якості освіти з метою визначення перспектив розвитку освітньої галузі, способів управління нею та потреб у відповідному підвищенні кваліфікації кадрів;
• публікація наукових досліджень із актуальних проблем післядипломної освіти;
• упровадження інформаційно-комунікаційних технологій у післядипломну педагогічну освіту та практику роботи ЗНЗ і ДНЗ;
• розробка програм підвищення кваліфікації педагогічних працівників і керівних кадрів в умовах модернізації  освіти;
• координація діяльності та надання науково-методичної допомоги районним (міським) методичним службам;
• забезпечення науково-методичного та психологічного супроводу професійного становлення й розвитку молодих спеціалістів у галузі освіти;
• модернізація дошкільної освіти;
• удосконалення змістового наповнення шкільних дисциплін;
• запровадження інтегрованого та інклюзивного навчання;
• науково-методичний супровід допрофільної та профільної освіти в умовах переходу на новий зміст навчання;
• науково-методичний супровід учнівських олімпіад, конкурсів, турнірів.